| Einführung |
Die Definition einer positiven Urinkultur wird seit Jahrzehnten kontrovers diskutiert. Die Verwendung eines Grenzwerts von 100.000 koloniebildenden Einheiten pro Milliliter (KBE/ml) zur Definition einer Harnwegsinfektion (UTI) bei erwachsenen Patienten basierte weitgehend auf einer kleinen Fall-Kontroll-Studie, die Kass1 1956 veröffentlichte und in der die Ergebnisse von Urinkulturen verglichen wurden Frauen mit klinisch diagnostizierter Pyelonephritis und asymptomatischen Kontrollpersonen; Die meisten Frauen mit Pyelonephritis hatten eine Koloniezahl von mehr als 100.000 KBE/ml und die meisten asymptomatischen Frauen hatten eine Koloniezahl von weniger als 10.000 KBE/ml.
Fast 30 Jahre später verglichen Hoberman und Kollegen in einer Querschnittsstudie an Kleinkindern, die sich einer Blasenkatheterisierung unterzogen hatten, um eine Harnwegsinfektion auszuschließen, die Merkmale von Kindern mit einem Wachstum von 10.000 bis 49.000 KBE/ml und 50.000 bis 99.000 KBE/ml.2 Unter den 35 Proben mit einem Wachstum zwischen 10.000 und 99.000 KBE/ml wurden gemischtes Wachstum und/oder grampositive Kokken häufiger bei Kindern mit Koloniezahlen von 10.000 bis 49.000 KBE/ml beobachtet als bei Kindern mit Koloniezahlen von 50.000 bis 99.000 KBE /ml.
Seitdem ist der Grenzwert von 50.000 der akzeptierte Grenzwert für die Interpretation von Kulturergebnissen aus durch Katheterisierung entnommenen Proben bei Kindern unter 2 Jahren.3 Da es sich jedoch in keiner dieser beiden Studien um einen kulturunabhängigen Referenzstandard handelt, ist dies möglich Sie dienen lediglich der Klarstellung4 und können nur Näherungen zu einem Grenzwert liefern, der in der klinischen Praxis nützlich sein könnte.
Tatsächlich gab es Berichte über Probleme mit dem derzeit akzeptierten pädiatrischen Grenzwert von 50.000 KBE/ml. Ein bemerkenswertes Beispiel stammt aus einer Studie von Swerkersson et al. 5, in der ein beträchtlicher Anteil der Kleinkinder mit radiologisch bestätigter Pyelonephritis eine Koloniezahl unter dem derzeit akzeptierten Grenzwert von 50.000 KBE/ml aufwies.
Um die Kompromisse zwischen Sensitivität und Spezifität an verschiedenen Grenzwerten zu untersuchen, ist eine Querschnittsstudie erforderlich, bei der sowohl eine Urinkultur (der Indextest) als auch ein kulturunabhängiger Referenzstandard an nicht ausgewählten Proben von Probanden in durchgeführt werden bei denen der Verdacht auf eine Harnwegsinfektion klinisch sinnvoll ist.
Jüngste Fortschritte bei der 16S-Sequenzierung, bei der die genaue Sequenz des hochkonservierten 16S-ribosomalen RNA-Gens (rRNA) zur Identifizierung von in Proben vorhandenen Bakterien verwendet wird, bieten uns nun einen empfindlichen und relativ unvoreingenommenen Referenzstandard für die Identifizierung von Organismen im Urin.
In einer früheren Studie fanden sie eine hohe Übereinstimmung zwischen der herkömmlichen 16S-rRNA-Gen-Amplikonsequenzierung aus Urinkultur (im Folgenden als 16S-Sequenzierung bezeichnet) in einer Kohorte von Kleinkindern (die sich nicht mit der aktuellen Kohorte überschneiden), die auf Harnwegsinfektionen untersucht werden. .6
In dieser Kohorte junger, fieberhafter Kinder, die sich einer Blasenkatheterisierung unterzogen, um eine Harnwegsinfektion auszuschließen, berechneten die Autoren unter Verwendung der 16S-Sequenzierung als Referenzstandard die Genauigkeit der konventionellen Kultur an verschiedenen Grenzwerten, um denjenigen zu identifizieren, der das optimale Gleichgewicht bietet zwischen Sensitivität und Spezifität.
| Methoden |
Zwischen Juni 2019 und Mai 2020 nahmen sie aufeinanderfolgende Kinder auf, die sich in der Notaufnahme des Kinderkrankenhauses von Pittsburgh vorstellten und nach Abschluss aller klinischen Tests noch Urin aufwiesen. Die Studie wurde vom Institutional Review Board der University of Pittsburgh genehmigt.
Kinder wurden eingeschlossen, wenn sie zwischen 1 Monat und 2 Jahren bzw. 11 Monaten alt waren, innerhalb von 24 Stunden nach der Vorstellung Fieber hatten (dokumentierte Temperatur ≥ 38 °C in der Notaufnahme oder durch Bericht der Eltern) und bei denen eine Blutuntersuchung durchgeführt wurde. Urinprobe mittels Katheter, um eine Harnwegsinfektion auszuschließen.
Sie schlossen Neugeborene aus, da diese Studie Teil einer größeren Studie ist, die Biomarker für Pyelonephritis untersucht. Die Diagnose einer Pyelonephritis wird durch einen Nierenscan gestellt, der bei Neugeborenen schwierig durchzuführen ist.
Kinder wurden ausgeschlossen, wenn sie innerhalb von 3 Tagen vor der Einschreibung systemische Antibiotika oder Kortikosteroide erhalten hatten, gleichzeitig andere systemische bakterielle Infektionen hatten, immungeschwächt waren, eine neurogene Blase hatten oder erhebliche urogenitale Anomalien hatten (z. B. Spina bifida, dysplastische Nieren). , vesikoureteraler Reflux Grad IV oder IV).
Im klinischen mikrobiologischen Labor des Krankenhauses wurde eine konventionelle Urinkultur unter Verwendung mikrobiologischer Standardmethoden durchgeführt und die Anzahl der koloniebildenden Einheiten (KBE)/ml wurde mit <10.000, 10.000 bis 49.000, 50.000 bis 99.000 und ≥ 100.000 angegeben.
> Aufbereitung von Urinproben für die 16S-Sequenzierung
Für die 16S-Sequenzierung wurde ein Aliquot des Restharns verwendet. Das Aliquot erfolgte im Allgemeinen innerhalb einer Stunde nach der Entnahme; Wenn jedoch mit Verzögerungen zu rechnen war, wurden die Proben gekühlt aufbewahrt.
Das Aliquot wurde in einem Kryoröhrchen bei –80 °C ohne Konservierungsmittel eingefroren. Vor dem Versand fügten sie 70 µL Urinkonditionierungspuffer (Zymo, D3061-1-8) pro 1 ml gefrorener Urinprobe hinzu. Die Proben wurden über Nacht in einer Kühlverpackung an Pangea Laboratory, Tustin, CA, USA, zur 16S-Sequenzanalyse mit dem PrecisionBIOME NGS Microbial Test geschickt.
DNA wurde aus der Urinprobe mit dem ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit gemäß den Anweisungen des Herstellers (Zymo Research Corporation, Irvine, CA) extrahiert. Die extrahierte DNA wurde für die Mikrobiomanalyse nach dem PrecisionBIOME-Workflow vorbereitet, der die Bibliotheksvorbereitung mit dem Quick-16S NGS Prep Kit (Regionen V1–3, Zymo Research Corporation, Irvine, CA) und die Sequenzierung von Barcode-Amplifikaten mit der MiSeq-Sequenzierungsplattform (Illumina) umfasste , San Diego, CA) und bioinformatische Analyse mit der PrecisionBIOME-Bioinformatikpipette, die eine Auflösung von Bakterien- und Pilzsequenzen auf Artenebene ermöglicht (Daten zu vorhandenen Pilzen und Zytokinen werden separat gemeldet).
Negativkontrollen (Transportmedium allein und unbenutzte Abstrichtupfer) wurden einbezogen. Zur Kontrolle einer Kontamination wurden auch Zellen und Schein-DNA-Gemeinschaften als Positivkontrollen einbezogen. Mögliche Sequenzierungsfehler und chimäre Sequenzen wurden mit der DADA2-Pipette entfernt.
> 16S-Sequenzierungsdatenverarbeitung
Sie verwendeten Uclust, um taxonomische Klassifizierungen mithilfe einer benutzerdefinierten Datenbank von PrecisionBIOME durchzuführen. Sie berechneten Phylotypen als prozentuale Anteile basierend auf der Gesamtzahl der Sequenzen in jeder Probe.
Die Auflösung dieses Sequenzierungsansatzes auf Artenebene wurde zuvor durch Shotgun-Sequenzierung bestätigt.7 Wir haben Proben mit <1000 Sequenzen pro Probe ausgeschlossen.
> Zielzustand wird diagnostiziert
In einer früheren Studie, die zwischen 2011 und 20176 durchgeführt wurde, stellten die Autoren eine hohe Übereinstimmungsrate zwischen herkömmlichen Urinkulturen und der 16S-Sequenzierung bei der Identifizierung von Bakterien im Urin fest. Dies stellte fest, dass die Autoren es nun für angemessen hielten, im Rahmen dieser explorativen Studie bei der Diagnose von Harnwegsinfektionen (der Zielerkrankung) die Urinkultur durch die 16S-Sequenzierung zu ersetzen.
In der klinischen Praxis ist zur Diagnose einer Harnwegsinfektion zusätzlich zum Vorhandensein einer Bakteriurie in der Kultur eine Erhöhung der Entzündungsmarker erforderlich.3
Um eine Harnwegsinfektion im Rahmen dieser Proof-of-Concept-Studie zu diagnostizieren, ist daher nicht nur erforderlich, dass ≥80 % der Sequenzen zu einem einzelnen Taxon gehörten (d. h. die relative Häufigkeit jedes Taxons ≥80 %), sondern auch die Erhöhung der Entzündungsmarker im Urin.
Bei der Erstellung ihres Referenzstandards wählten die Autoren einen Grenzwert von 80 % (für die primäre Analyse), weil sie der Meinung waren, dass sie als Ärzte gezwungen wären, bei einem fieberhaften Kind mit Entzündungsmarkern im Urin, dessen Urin diesen Wert aufwies, eine Harnwegsinfektion zu diagnostizieren Ebene. von Bakteriurie.
Der Rest der Kinder wurde als „kein Harnwegsinfekt“ eingestuft. Als Sensitivitätsanalyse haben wir die Ergebnisse auch anhand der relativen Häufigkeitsgrenzen von 50 % und 90 % untersucht.
> Entzündungsmarker im Urin
Jedes Kind wurde einer mikroskopischen Urinanalyse unterzogen, bei der weiße Blutkörperchen (WBCs) beobachtet wurden (pro Kubikmillimeter oder pro Hochleistungsfeld) und einem Teststreifentest, bei dem der Leukozytenesterase-Test angegeben wurde. semiquantitative Form (keine, Strich, 1+, 2+, 3+).
Da die Empfindlichkeit sowohl von Leukozyten- als auch von Leukozytenesterase-Tests im Allgemeinen gering ist8, maßen sie mit den in früheren Studien verwendeten Methoden9 auch Neutrophilen-Gelatinase-assoziiertes Lipocalin (NGAL) in einem Aliquot des Restharns.
NGAL ist ein Entzündungsmarker, der von Neutrophilen oder interkalierten Zellen in der Niere als Reaktion auf Harnwegsinfektionen freigesetzt wird.9,10 Obwohl die Verwendung von NGAL im Urin zur Diagnose von Harnwegsinfektionen eine relativ junge Entwicklung ist, gibt es starke Belege für die Verwendung von NGAL zur Diagnose von Harnwegsinfektionen. 10 Die Autoren entschieden a priori, ein Kind als Anzeichen einer Entzündung einzustufen, wenn einer der folgenden Punkte vorliegt: ≥10 Leukozyten/mm3, ≥5 Leukozyten pro Hochleistungsfeld (Hpf), ≥Spuren-Leukozytenesterase oder NGAL-Wert höher als 39,9 ng/ml.10 Sie führten eine Sensitivitätsanalyse durch und untersuchten die Ergebnisse, wenn sie NGAL nicht als Entzündungsmarker berücksichtigt hatten.
> Indextest in der Bewertung
Die Autoren definierten konventionelle Kulturergebnisse als positiv, wenn die Urinkultur das Wachstum von mindestens einem Organismus mit einer Anzahl von mindestens 10.000 KBE/ml zeigte und wenn mindestens einer der Entzündungsmarker im Urin erhöht war. Weitere ausgewertete Grenzwerte waren 50.000 KBE/ml und 100.000 KBE/ml.
> Statistische Analyse
Für die primäre Analyse berechneten sie die Sensitivität und Spezifität der Urinkultur zum Nachweis von Harnwegsinfekten (unter Verwendung eines 90 %-Grenzwerts für die relative Häufigkeit bei einem Kind mit Entzündungsmarkern im Urin) zusammen mit den entsprechenden 95 %-Wald-Konfidenzintervallen. Anschließend wiederholten sie die Analysen unter Verwendung unterschiedlicher Definitionen von Harnwegsinfekten (d. h. unter Verwendung der relativen Häufigkeitsgrenzen von 50 % und 80 % anstelle von 90 %). Sie fassten die Daten zusammen und analysierten sie mit SAS Version 9.4 (SAS Institute Inc).
| Ergebnisse |
Insgesamt wurden 341 Kinder in die Studie einbezogen. Die Mehrheit der eingeschriebenen Kinder waren weiblich (74 %), weiß (67 %), und die Mehrheit (64 %) hatte eine dokumentierte Temperatur von 39 °C oder mehr. Das Durchschnittsalter der Kinder bei der Diagnose betrug 12,5 Monate und die Durchschnittstemperatur bei der Vorstellung betrug 39,3 °C. Bei Kindern mit Entzündungsmarkern im Urin, aber ohne mindestens einen Organismus mit einer Kulturzahl von 10.000 KBE/ml oder mehr, betrug die mittlere relative Häufigkeit der vorherrschenden identifizierbaren Organismen 15 % (Interquartilbereich: 7 %–32 %).
Bei einem relativen Häufigkeitsgrenzwert von 80 % hatten 46 Kinder in dieser Stichprobe eine Harnwegsinfektion. Davon hatten 41 (89 %) E. coli als vorherrschenden Erreger. Wenn ein Grenzwert von ≥ 10.000 zur Definition einer positiven Urinkultur verwendet wird, wurden von 46 Kindern mit Harnwegsinfektionen 45 mithilfe einer konventionellen Urinkultur korrekt identifiziert (Sensitivität 98 %, Konfidenzintervall [KI]: 93 % bis 100 %).
Bei dem vermissten Kind handelte es sich um einen 4 Monate alten Säugling mit Teststreifen-Leukozytenesterase 3+, einer Leukozytenzahl von 73 pro Hpf und einem erhöhten NGAL-Wert von 319, bei dem über 99 % der Sequenzen durch artzugeordnete 16S-Sequenzierung identifiziert wurden. von Klebsiella . In der Kultur wies dieses Kind <10.000 KBE/ml gramnegative Organismen und <10.000 KBE/ml grampositive Kokken auf; Aufgrund der geringen Koloniezahl wurden keine weiteren Organismen identifiziert. Von den 295 Kindern ohne Harnwegsinfekt wurden 291 durch konventionelle Kultur korrekt als solche identifiziert (99 % Spezifität, KI: 97 % bis 100 %).
Bei Verwendung eines Grenzwerts von ≥ 50.000 KBE/ml verringerte sich die Empfindlichkeit der Urinkultur auf 80 % (95 %-KI: 68 %–93 %). Eine Änderung des Grenzwerts auf 50.000 hatte einen vernachlässigbaren Einfluss auf die Spezifität (d. h. die Spezifität blieb bei 99 %, KI: 98 %–100 %). Die 8 zusätzlichen Kinder mit Harnwegsinfekten, die bei Anwendung einer Grenze von 50.000 übersehen worden wären; Alle Kinder mit verpassten Harnwegsinfektionen hatten Organismen, die derzeit als uropathogen gelten, und per Definition waren alle symptomatisch und hatten erhöhte Werte an Entzündungsmarkern im Urin.
Die Verwendung eines Grenzwerts von 100.000 KBE/ml hätte die Sensitivität auf 70 % reduziert (95 %-KI: 55 %–84 %). Änderungen in der Definition des Referenzstandards hatten kaum Auswirkungen auf die Präzisionsschätzungen.
Die Sensitivitäts- und Spezifitätsschätzungen wären ähnlich ausgefallen, wenn NGAL nicht als Entzündungsmarker einbezogen worden wäre.
| Diskussion |
Frühere Studien haben versucht, die Ergebnisse von Urinkulturen zu verstehen, indem sie die Koloniezahlen unter extremen Bedingungen (z. B. Pyelonephritis versus asymptomatisch) 1 oder die Merkmale von Probanden bei bestimmten hohen und niedrigen Koloniezahlgrenzen verglichen haben.2
Obwohl solche Studiendesigns in den frühen Erkundungsphasen der diagnostischen Testforschung notwendig sind, können sie weder eine echte Bewertung der Genauigkeit eines Tests in der klinischen Praxis ermöglichen, noch können sie zur Identifizierung von Grenzwerten verwendet werden, die die Sensitivität und Spezifität optimieren. 4
Hier konnten die Autoren mithilfe der 16S-Sequenzierung als Goldstandardmethode für die Harnwegsinfektionsdiagnose die diagnostische Genauigkeit der Urinkultur bei verschiedenen Koloniezahlgrenzen bewerten.
Sie fanden heraus, dass bei fieberhaften Kindern unter 3 Jahren, die sich einer Blasenkatheterisierung zum Ausschluss einer Harnwegsinfektion unterzogen, die Verwendung einer Koloniezahl von 10.000 KBE/ml zu weniger Fällen von übersehenen Harnwegsinfektionen geführt hätte als die Verwendung einer Koloniezahl von 50.000 KBE. /ml (20 % der Fälle werden übersehen) oder 100.000 KBE/ml (30 % der Fälle werden übersehen).
Gemäß dem Studiendesign hatten alle Kinder mit verpasster Harnwegsinfektion erhöhte Entzündungsmarker im Urin und waren fieberhaft. Folglich deuten die Daten darauf hin, dass ein Grenzwert von 10.000 KBE/ml am besten zwischen kleinen Kindern mit und ohne echten Harnwegsinfekt unterscheidet.
Es gibt viele Gründe, warum die 16S-Sequenzierung, insbesondere in Kombination mit Entzündungsmarkern im Urin, ein geeigneter Referenzstandard für die Diagnose von Harnwegsinfektionen ist.
Erstens ermöglicht die 11 16S-Sequenzanalyse im Gegensatz zur Urinkultur, die für den Nachweis von E. coli optimiert ist, eine weitgehend unvoreingenommene Beurteilung der im Urin vorhandenen Bakterien. Tatsächlich gibt es immer mehr Belege12,13, die darauf hindeuten, dass die Ergebnisse der 16S-Sequenzanalyse gut mit den Ergebnissen einer erweiterten quantitativen Urinkultur übereinstimmen, einer empfindlicheren Variante der Urinkultur, bei der zusätzliche Kulturmedien und größere Urinmengen zur Beimpfung der Plattenkultur verwendet werden , längere Inkubationszeiten und eine Vielzahl atmosphärischer Bedingungen.14,15
Obwohl die Daten zur höheren Sensitivität der 16S-Sequenzierung im Vergleich zur Urinkultur unbestreitbar erscheinen, könnte ihre höhere Sensitivität theoretisch auf Kosten einer geringeren Spezifität gehen, insbesondere aufgrund des erforderlichen Amplifikationsschritts. Daher könnte man sich ein Szenario vorstellen, in dem viele klinisch nicht relevante Organismen durch 16S-Sequenzierung identifiziert werden könnten, was zu einer großen Anzahl unangemessener Harnwegsinfektionsdiagnosen führen würde.
In dieser Studie ergab die Verwendung der 16S-Sequenzierung (zusammen mit Entzündungsmarkern) jedoch, dass nur bei einem Kind eine Harnwegsinfektion übersehen wurde. Dies legt nahe, dass die 16S-Sequenzanalyse (bei einer relativen Häufigkeitsschwelle von 80 %) in Kombination mit Entzündungsmarkern ein geeigneter Referenzstandard für die Verwendung in dieser Studie war.
Als sie mit dieser Studie begannen, hatten die Autoren Bedenken, ein relatives Maß für die Häufigkeit als Standardreferenz zu verwenden. Die Ergebnisse (in dieser und der vorherigen Studie) zeigen jedoch, dass bei der Harnwegsinfektionsdiagnose die relative Häufigkeit der 16S-Sequenzierung und die absoluten Kulturergebnisse auffallend ähnlich waren.
Die Autoren stellten die Hypothese auf, dass, damit ein Krankheitserreger wie E. coli 80 % oder mehr aller Probenlesungen in der 16S-Sequenzierung ausmacht, seine Genkopienzahlen die Gesamtzahl16 aller anderen normalerweise vorhandenen Bakterien übersteigen müssten. als Teil des Urobioms um vier. Somit wird die relative Häufigkeitsschwelle von 80 % nur dann erreicht, wenn die absolute Häufigkeit eines Uropathogens recht hoch ist.
Die Ergebnisse unterstützen die fortgesetzte Verwendung von Urinkulturen (mindestens eine Grenze von 10.000 KBE/ml) in der Studienpopulation. Aufgrund der anhaltenden technologischen Fortschritte bei Genauigkeit, Geschwindigkeit und Kosten der 16S-Sequenzierung könnte sie jedoch bald in klinischen Zentren verfügbar sein. In diesem Fall könnte die Identifizierung von Organismen in wenigen Stunden statt in Tagen erfolgen. Daher ist es wichtig, Vergleichsstudien durchzuführen, um die Vor- und Nachteile des Einsatzes dieser Technologie im klinischen Umfeld zu ermitteln.
Mehrere Einschränkungen dieser Studie müssen berücksichtigt werden. Sie verwendeten eine Definition von Harnwegsinfektionen, die das Vorhandensein von Symptomen, erhöhte Entzündungsmarker im Urin und eine hohe relative Häufigkeit von Organismen in der 16S-Sequenzanalyse erforderte. Die Verwendung einer weniger strengen Definition (zum Beispiel, dass keine Entzündungsmarker im Urin erforderlich sind) hätte zu einer höheren Rate unentdeckter Harnwegsinfektionen führen können, aber sie wären weniger sicher gewesen, dass es sich bei allen diesen Harnwegsinfektionen um echte Harnwegsinfekte handelte.
Die Wahl von 80 % für den Schwellenwert für die relative Häufigkeit, der zur Definition von Harnwegsinfekten erforderlich ist, basierte zwar auf Daten aus einer früheren Studie der Autoren, war jedoch in gewissem Maße willkürlich. Sie erkennen, dass auch weniger häufig vorkommende Organismen schwere Krankheiten verursachen können.
Kurz gesagt, wie die Sensitivitätsanalyse zeigt, hatte der für die Primäranalyse gewählte Grenzwert kaum Einfluss auf die Schlussfolgerungen. Dies liegt wahrscheinlich daran, dass die Proben in den meisten Fällen von Sequenzen eines einzelnen bekannten Uropathogens dominiert wurden oder eine sehr geringe Häufigkeit einer Vielzahl von Organismen aufwiesen, die in früheren Studien in Urinproben von asymptomatischen Personen nachgewiesen worden waren.14
Die Ergebnisse gelten nur direkt für Kinder, die sich einer Blasenkatheterisierung unterziehen, um eine Harnwegsinfektion auszuschließen; Bei stärkerer Kontamination, beispielsweise im Zusammenhang mit der Sammelmethode, kann ein höherer Grenzwert für die Urinkultur erforderlich sein. Die Autoren verwendeten vor dem Einfrieren der Proben keine Konservierungsmittel; Allerdings wurden die Proben nie bei Raumtemperatur belassen und die Ergebnisse lassen keine Verzerrung aufgrund des verwendeten Ansatzes vermuten.
Das klinische Labor hat keine genauen Koloniezahlen für herkömmliche Urinkulturen gemeldet; Dies hätte nützlich sein können, um den Schwellenwert unter 50.000 KBE/ml zu ermitteln, der die Empfindlichkeit und Spezifität der Urinkultur am besten optimiert. Die meisten Harnwegsinfekte in dieser Probe wurden durch E. coli verursacht .
Größere Studien sind erforderlich, um die Genauigkeit der Schwellenwerte für die Koloniezahl für weniger häufige Uropathogene weiter zu untersuchen.
Schließlich kann die 16S-Sequenzierung, obwohl sie weniger verzerrt ist als die Urinkultur, bestimmten Verzerrungen unterliegen, insbesondere wenn die Biomasse in den Proben relativ gering ist17; Es ist jedoch unwahrscheinlich, dass diese Verzerrungen das beobachtete Muster von einem Muster, bei dem viele Organismen in relativ geringer Häufigkeit vorhanden sind, zu einem Muster ändern, bei dem die Probe von einem Organismus dominiert wird.
Zu den Stärken der Studie gehörten die fortlaufende Aufnahme symptomatischer Kinder mit Verdacht auf Harnwegsinfektionen, die Verwendung eines Referenzstandards auf der Grundlage früherer Daten, die Durchführung des Indextests und des Referenzstandards bei allen eingeschlossenen Kindern sowie die Verwendung klinischer Definitionen a priori Verwendung von Positiv- und Negativkontrollen während der Extraktion und Sequenzierung sowie die Verwendung eines validierten Sequenzierungsansatzes.
Eine Senkung des Schwellenwerts für die Diagnose einer Harnwegsinfektion von 50.000 KBE/ml auf 10.000 KBE/ml führt unweigerlich zu einem Anstieg der Zahl der Kinder, bei denen fälschlicherweise eine Harnwegsinfektion diagnostiziert wird. Dies ist jedoch angemessen, da (1) die Zahl der Kinder, bei denen fälschlicherweise eine Harnwegsinfektion diagnostiziert wird, geringer ist als die Zahl der entdeckten Kinder mit übersehener Harnwegsinfektion, und (2) die negativen Folgen des Übersehens einer fieberhaften Harnwegsinfektion im Allgemeinen überwiegen oder eine zusätzliche Behandlung mit antimikrobiellen Mitteln verschreiben.
Zusammenfassend fanden sie unter Verwendung der 16S-Sequenzierung als Referenzstandard vorläufige empirische Beweise, die die Verwendung eines Grenzwerts von 10.000 KBE/ml für die Diagnose von Harnwegsinfektionen bei kleinen Kindern mit Fieber unterstützen.
