Les infections des voies urinaires (IVU) sont les infections humaines les plus courantes. Mais la culture d’urine, pierre angulaire du diagnostic en laboratoire des infections urinaires, est imparfaite. Il présente une fréquence élevée de faux résultats, tant positifs que négatifs.
La culture d’urine prend 2 à 3 jours pour renvoyer le résultat, et les antibiotiques sont souvent indiqués de manière empirique, en attendant les lectures finales de la culture. En revanche, la bactériurie asymptomatique – la présence de bactéries dans l’urine en l’absence de symptômes d’infection urinaire – ne justifie généralement pas un traitement.
Les directives consensuelles actuelles recommandent d’effectuer une analyse d’urine appropriée et d’interpréter les résultats en fonction de la possibilité d’une infection urinaire. Les lignes directrices (Claeys et al) décrivent des approches visant à réduire les antibiotiques de laboratoire inutiles et les erreurs de diagnostic des infections urinaires, et sont organisées en fonction de la procédure de culture, de commande, de traitement et de reporting des urines.
Les auteurs ont élaboré une ligne directrice basée sur l’approche Delphi modifiée pour déterminer les meilleures pratiques en matière de diagnostics liés à la culture d’urine. Les principes les plus importants de la ligne directrice évitent le dépistage et le traitement de la bactériurie asymptomatique, ainsi que l’utilisation de fluoroquinolones pour le traitement de première intention de la cystite aiguë. Ces principes sont corroborés par d’autres guides importants.
| Milieu clinique |
Les lignes directrices concernent l’interprétation diagnostique de la culture d’urine chez les patients ambulatoires et hospitalisés, et s’adressent spécifiquement aux contextes de pratique des soins de longue durée, des patients hospitalisés, ambulatoires et des services d’urgence.
| Objectif visé |
Cette revue est destinée aux médecins qui diagnostiquent et traitent les infections urinaires, ainsi qu’à ceux qui effectuent ou rapportent des analyses d’urine.
| Qui a écrit les guides ? |
Le guide comprend 18 déclarations générales rédigées par un panel d’experts choisis dans diverses régions géographiques.
Le panel comprenait 15 personnes spécialisées en épidémiologie de la santé et amélioration de la qualité, informatique médicale et aide à la décision, maladies infectieuses, microbiologie clinique, gestion des antimicrobiens et urologie, et possédant une expérience dans la gestion des infections urinaires, les études de diagnostic, la microbiologie clinique et la prévention des infections.
Treize des 15 panélistes étaient des médecins et 10 d’entre eux étaient des spécialistes des maladies infectieuses. Les pathologistes cliniques formés et certifiés en pratique générale de médecine de laboratoire n’ont pas participé au panel.
L’approche Delphi modifiée utilisant la méthode d’adéquation RAND/UCLA a été utilisée pour déterminer les meilleures pratiques en matière de diagnostic lié à la culture d’urine.
Le groupe d’experts a évalué ses recommandations sur une échelle de Likert et s’est ensuite réuni pour discuter davantage des points de désaccord. Après un deuxième examen, l’ensemble final d’énoncés d’orientation a été élaboré.
| Quelles sont les principales recommandations ? |
Les principales recommandations portent sur l’optimisation du diagnostic à partir des résultats de l’analyse et de la culture d’urine ainsi que de l’administration d’antibiotiques. Les recommandations sont largement classées en ordre, traitement et rapport des cultures d’urine, ainsi qu’en pratiques appropriées ou inappropriées associées.
| Commande, traitement et reporting des cultures d’urine : points clés du guide de l’expert | |
| Paysage | Pratiques appropriées |
| Application | Exiger une documentation appropriée sur la récolte (par exemple, capture propre) Testez uniquement les patients présentant des signes et symptômes documentés d’infection des voies urinaires. |
| Poursuite | Utiliser un protocole de culture réflexe lorsque cela est possible, afin que l’urine sans marqueurs inflammatoires (c’est-à-dire les globules blancs) ne soit pas cultivée, car cela aide à prévenir la caractérisation microbienne et le traitement inapproprié de la bactériurie asymptomatique. Ne testez pas systématiquement un isolat lorsque plus de 2 types de bactéries sont récupérés par culture. |
| Rapport | Optimisez les rapports de laboratoire : • Inclure une clause de non-responsabilité indiquant qu’un nombre élevé de colonies peut être présent dans une bactériurie asymptomatique. • « Encourager » les prescripteurs à ne pas traiter la bactériurie asymptomatique ou la croissance mixte • Définir clairement les isolats identifiés comme uropathogènes ou contaminants cutanés probables • Utiliser la déclaration en cascade des antibiotiques, qui ne signale pas les fluoroquinolones comme antibiotiques de première intention. |
> Demande de culture d’urine
La pratique appropriée pour demander une culture d’urine comprend la documentation des signes ou des symptômes d’une infection urinaire afin d’obtenir une culture d’urine, dans le but de remplacer les commandes de culture d’urine autonomes par un protocole de « culture réflexe » (c’est-à-dire lorsque l’analyse d’urine et la culture d’urine sont commandées ensemble, la culture est réalisée uniquement si les critères d’analyse d’urine sont remplis) sur la base des résultats de l’analyse d’urine, et annule automatiquement la nouvelle culture d’urine dans les 5 jours suivant une culture positive, lors de la même hospitalisation.
| Demander des cultures d’urine : signes et symptômes appropriés et inappropriés à documenter | ||
| Statut du cathéter urinaire | Signes et symptômes appropriés | Signes inappropriés |
| Patient avec cathéter urinaire | Dysurie, douleur sus-pubienne, douleur au flanc, sensibilité de l’anneau costovertébral, choc septique alternatif. | État mental alterné, modifications urinaires caractéristiques |
| Patient sans cathéter urinaire | Dysurie, douleur sus-pubienne, douleur au flanc, douleur angulaire ou choc septique costovertébral | Modifications urinaires caractéristiques |
Une pratique inappropriée consiste à inclure la culture en même temps que les demandes standards (service d’urgences, hospitalisation, préopératoire, altération de l’état mental et évaluation des chutes), ou à ordonner des cultures d’urine en réponse à un changement dans les caractéristiques de l’urine.
> Traitement des cultures d’urine
Une pratique appropriée comprend l’utilisation d’une plateforme de numération élevée des globules blancs en microscopie urinaire, comme critère de culture réflexe, lorsqu’une culture d’urine est ordonnée par un clinicien. En revanche, avant de traiter les cultures, la méthode de collecte des urines doit être documentée (prise propre à mi-jet, cathéter à demeure, cathétérisme d’entrée et de sortie droits).
Une pratique inappropriée consiste notamment à obtenir automatiquement des cultures réflexes basées sur les résultats d’analyses d’urine dans les cas où une culture d’urine n’a pas été spécifiquement demandée.
> Rapport de culture d’urine
Une pratique appropriée devrait inclure des rapports de culture d’urine informant les médecins que des comptes supérieurs à 100 000 unités formant colonie (UFC)/ml peuvent ne pas représenter une véritable infection en l’absence de symptômes, et leur rappelant de ne pas traiter les patients présentant une bactériurie asymptomatique. ou flore mixte.
En revanche, le rapport de culture doit faire la distinction entre les uropathogènes typiques et les contaminants. L’identification et la sensibilité des tests d’isolement ne doivent pas être systématiquement signalées lorsque plus de deux isolats bactériens uniques sont trouvés dans la culture.
Par exemple, le laboratoire clinique de référence des auteurs fournit les commentaires suivants ainsi que les résultats de culture avec croissance d’au moins 3 organismes : Microbiote mixte , Aucune autre étude. Le microbiote mixte peut être dû à une contamination urinaire par des bactéries de la peau au moment du prélèvement ou à la présence d’une sonde urinaire au long cours . Si une nouvelle culture est nécessaire, veuillez envisager de rééduquer le patient sur la technique appropriée de prélèvement du milieu du jet ou d’effectuer le prélèvement par cathétérisme direct.
Une autre pratique appropriée, appelée déclaration en cascade , consiste à déclarer de préférence les antibiotiques recommandés par l’ Infectious Diseases Society of America (IDSA) si un organisme est sensible. Les tests de sensibilité aux fluoroquinolones doivent être interrompus sauf en cas de résistance aux antibiotiques oraux préférés.
Une pratique inappropriée consisterait notamment à suggérer de ne pas traiter lorsque <100 000 UFC/ml de bactéries sont récupérées, à retenir les informations sur la culture et à attendre que le prescripteur contacte le laboratoire de microbiologie clinique pour divulguer les résultats.
| En quoi est-ce différent des lignes directrices précédentes ? |
L’objectif des lignes directrices actuelles est différent de celui des lignes directrices de l’IDSA/American Society for Microbiology (ASM) dans la mesure où l’accent est mis sur la meilleure mise en œuvre des tests d’urine pour un traitement optimal des infections urinaires. Son objectif est de fournir un guide systématisé pour influencer le processus de diagnostic à grande échelle.
Les « Lignes directrices pour l’utilisation du laboratoire de microbiologie pour le diagnostic des maladies infectieuses » IDSA/ASM 2018, qui incluent le guide de culture d’urine, ne sont en désaccord avec aucune des orientations proposées par Claeys et al, mais proposent des points supplémentaires.
La directive IDSA/ASM stipule que si l’urine est transportée à température ambiante, elle doit être placée dans des tubes de conservation à l’acide borique (« bouchon gris »). Une alternative consiste à réfrigérer l’urine après le prélèvement et pendant le transport ou, si elle n’est pas réfrigérée, elle peut être inoculée dans les 30 minutes suivant le prélèvement sans la conserver avec de l’acide borique. Les lignes directrices IDSA/ASM indiquent également que l’utilisation d’un protocole de culture réflexe basé sur la pyurie devrait être une politique approuvée localement.
Les lignes directrices de Claeys et al. ne traitent pas des considérations pré-analytiques visant à empêcher la prolifération bactérienne pendant le transport.
| Quel est l’impact clinique attendu ? |
L’impact clinique de la ligne directrice peut être classé en 2 catégories principales : réduction de l’utilisation inutile d’antibiotiques et évitement des coûts grâce à une diminution des demandes de cultures d’urine et de thérapies inappropriées.
> Réduction de l’utilisation excessive d’antibiotiques
L’exposition aux antibiotiques est un facteur de risque important d’infections urinaires résistantes aux antibiotiques et d’autres infections. L’utilisation d’antibiotiques est associée à une résistance accrue au niveau de la population. Il est également associé à un risque plus élevé de colite à Clostridioides difficile et de candidose vulvo-vaginale, en raison de la perturbation du microbiome sain. Par conséquent, réduire l’utilisation inutile d’antibiotiques est un aspect essentiel pour retarder et minimiser l’émergence de résistances et réduire les pathologies collatérales.
Les lignes directrices de Claeys et al. fournissent des mesures concrètes pour réduire l’utilisation inutile d’antibiotiques à chaque étape du processus de culture d’urine, c’est-à-dire la commande, le traitement et la déclaration. Des recommandations sont fournies sur les mesures visant à éviter la détection et le traitement inutiles de la bactériurie asymptomatique. Dans une étude, près de 70 % des patients atteints de bactériurie asymptomatique ont été traités avec des antibiotiques, malgré le manque de bénéfices et la discordance avec les lignes directrices existantes.
La recommandation actuelle est que le médecin qui demande une culture d’urine soit invité à documenter les signes et symptômes de l’infection. L’attribution d’un complexe de symptômes à une culture vise à réduire les tests en l’absence de symptômes d’infection urinaire et donc à réduire par la suite le traitement inutile de la bactériurie asymptomatique.
Une ligne directrice supplémentaire conçue pour limiter le traitement de la bactériurie asymptomatique est la recommandation selon laquelle les rapports de culture rappellent ou « incitent » les cliniciens à ne pas traiter la bactériurie asymptomatique et que même un nombre élevé de colonies (> 100 000 UFC/ml) peut ne pas représenter une véritable infection en l’absence de Signes et symptômes.
De plus, les lignes directrices proposent une stratégie visant à réduire le temps et les ressources nécessaires pour obtenir un résultat final en laboratoire par dépistage par analyse d’urine avant la culture. Une culture d’urine prend généralement ≥2 jours pour renvoyer un résultat avec interprétation des tests de sensibilité aux antibiotiques. Cependant, si un protocole de culture réflexe est utilisé comme recommandé par les lignes directrices, le temps nécessaire pour obtenir le résultat final est généralement considérablement réduit et la culture serait évitée. Cette pratique pourrait conduire à une réduction de l’utilisation inutile d’antibiotiques.
> Réduction des coûts
On estime qu’environ 27 % des hospitalisations sont associées à une culture d’urine. À ce pourcentage, il faut ajouter les cultures d’urine demandées dans d’autres milieux de soins (urgences, ambulatoires et longue durée). Cela souligne la possibilité d’éviter les coûts associés à un protocole de culture réflexe. Les économies de coûts supplémentaires seraient associées à la réduction du traitement de la bactériurie asymptomatique.
| Les autres sociétés sont-elles d’accord ou pas d’accord ? |
Le principe principal de ne pas traiter la bactériurie asymptomatique décrit dans les lignes directrices de Claeys et al est accepté par d’autres grandes sociétés. L’IDSA, l’American Society of Urology (AUA) et l’Association européenne d’urologie (EAU) conviennent que la bactériurie asymptomatique ne doit généralement pas être traitée en dehors du contexte de la grossesse ou avant un sous-ensemble d’interventions urologiques.
La ligne directrice est également corroborée par la campagne d’éducation sanitaire Choisir avec soin et par l’American Board of Internal Medicine, qui recommande de ne pas effectuer de cultures d’urine en l’absence de symptômes et de ne pas traiter la bactériurie asymptomatique. Le guide IDSA/ASM recommande qu’une politique de culture réflexe soit établie au niveau local.
Les directives existantes varient quant à la limite de croissance des uropathogènes dans une culture standard. Par exemple, le CDC (Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis) exige au moins 100 000 UFC/ml pour répondre à ses critères de diagnostic d’une infection urinaire. En revanche, les directives IDSA/ASM ont un seuil plus flexible et incluent une croissance <100 000 UFC/m.
> Fluoroquinolones
Semblables aux lignes directrices de Claeys et al, les lignes directrices de l’IDSA, de l’AUA et de l’EAU soulignent que les fluoroquinolones doivent être évitées chez les patients atteints de cystite simple. Par exemple, les lignes directrices de la Société européenne de microbiologie et des maladies infectieuses soulignent que les fluoroquinolones sont très efficaces mais sujettes à des effets secondaires importants et devraient être réservées à des utilisations autres que la cystite aiguë et être considérées comme une alternative et non comme un régime. Première ligne.
Les lignes directrices de l’EAU stipulent que les fluoroquinolones ne doivent pas être utilisées pour traiter la cystite non compliquée, et les lignes directrices de l’AUA recommandent de prendre en compte les effets indésirables graves associés aux fluoroquinolones, notamment les tendinites, les ruptures de tendons, l’allongement de l’intervalle QT et l’infection à C. difficile , qui dépassent généralement les avantages dans infection urinaire sans complication. Il est à noter que les recommandations de l’IDSA, de l’AUA et de l’EAU ne s’appliquent pas nécessairement aux patients présentant une infection urinaire compliquée (par exemple, anatomie aberrante, corps étranger) ou une immunodépression.
| Comment cela va-t-il changer la pratique quotidienne ? |
La plupart des déclarations contenues dans les lignes directrices de Claeys et al sont des bonnes pratiques généralement acceptées. Cependant, les lignes directrices ajoutent également du poids à la pratique de plus en plus courante consistant à utiliser une approche de culture réflexe pour exclure la culture d’échantillons d’urine dans lesquels il n’y a pas d’inflammation (c’est-à-dire pas de globules blancs). La ligne directrice minimise le seuil traditionnel de 100 000 UFC/ml en tant que critère de diagnostic des infections urinaires, ce qui est cohérent avec l’accent mis précédemment par l’IDSA sur ce seuil.
Le seuil de 100 000 UFC/mL a été élaboré sur la base d’une population atteinte de pyélonéphrite et s’est depuis révélé inadéquat. Les lignes directrices actuelles soulignent à nouveau les principes généralement acceptés, à savoir que même les cultures présentant une croissance supérieure à 100 000 CFU/mL ne nécessitent pas de traitement chez les patients asymptomatiques, et que les infections urinaires peuvent être associées à une croissance < 100 000 CFU/mL. mL d’uropathogènes.
L’encadrement prévu pour l’administration des fluoroquinolones pourrait réduire la prescription de cette classe de médicaments. En 2016, la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis a ajouté un avertissement concernant les fluoroquinolones en raison de leur association avec la tendinite et la rupture du tendon. Cependant, il existe des preuves que l’avertissement encadré a eu peu d’effet sur les modèles de prescription de fluoroquinolone pour les infections urinaires non compliquées, et peu d’effet sur les taux élevés de résistance aux fluoroquinolone.
Les auteurs estiment que l’un des impacts les plus importants des directives actuelles pourrait être d’inverser ces tendances dans la pratique quotidienne, en encourageant les laboratoires à éviter de déclarer systématiquement les fluoroquinolones comme antibiotiques de première intention pour les infections urinaires.
| Considérations particulières : Dans quels cas les directives ne s’appliqueraient-elles pas ? |
Les lignes directrices de Claeys et al. ne s’appliquent pas à un certain nombre de scénarios cliniques. Les enfants et les femmes enceintes sont exclus. Les receveurs de greffe de rein et les patients gravement immunodéprimés ont été spécifiquement exclus. Cependant, la détection et le traitement de la bactériurie asymptomatique sont indiqués pendant la grossesse, car les bénéfices du traitement peuvent dépasser les risques.
> Considérations pour les patients souffrant de troubles urologiques
La détection et le traitement de la bactériurie asymptomatique sont indiqués avant les interventions chirurgicales urologiques impliquant une manipulation des voies urinaires supérieures ou provoquant un traumatisme des muqueuses, tandis que les bénéfices du traitement peuvent dépasser les risques.
Pour les patients porteurs d’un cathéter urinaire ou nécessitant un cathétérisme intermittent, ainsi que pour les patients présentant un dysfonctionnement neurogène des voies urinaires inférieures ou une interposition intestinale dans les voies urinaires (par exemple, conduit iléal, néovessie), l’utilité du réflexe d’approche par culture n’a pas été établie empiriquement. . D’un autre côté, les lignes directrices de l’IDSA sur les infections urinaires associées au cathéter indiquent que la pyurie ne doit pas être utilisée pour faire la différence entre les infections urinaires associées au cathéter et la bactériurie asymptomatique.
Les symptômes de l’infection urinaire chez ces patients peuvent être subtils et variables et peuvent inclure une spasticité accrue, une dysréflexie autonome et des sentiments de malaise. Les symptômes doivent être pris en compte dans le cadre de l’examen physique et des études urinaires, d’autant plus que l’urine de ces patients est souvent chroniquement colonisée par des bactéries.
> Autres patients sous soins urologiques
Des profils complets de culture d’urine avec sensibilité aux antimicrobiens peuvent être nécessaires chez les patients urologiques, quels que soient les résultats de l’analyse d’urine. De telles circonstances peuvent inclure des contextes avant ou après des procédures urologiques, ainsi que des cas suspects de prostatite, d’épididymorrite, de fistules ou d’infections urinaires récurrentes.
La pertinence clinique de la réalisation de cultures pour les patients en urologie doit être à la discrétion de l’urologue traitant et les cultures indépendantes ne doivent pas être transformées en cultures réflexes chez les patients en urologie sans discussion préalable avec l’équipe d’urologie. De même, une culture dans les 5 jours suivant une autre culture ne doit pas être annulée chez un patient en urologie avant une discussion avec l’équipe qui a ordonné la culture. Une telle culture peut être nécessaire en cas de symptômes réfractaires, pour évaluer la possibilité d’une infection récurrente ou d’une contamination continue.
Chez les patients urologiques, l’identification des espèces et les tests de sensibilité aux antimicrobiens de tous les isolats cultivés dans l’urine peuvent être nécessaires avant les procédures endo-urologiques, même dans le cas de plus de 2 organismes, car les interactions polymicrobiennes peuvent jouer un rôle. rôle dans l’infection urologique, cela doit donc être laissé à la discrétion de l’équipe d’urologie.
Dans certains cas d’infection urinaire, l’utilisation de fluoroquinolones est appropriée. Par exemple, la directive EAU indique que les fluoroquinolones constituent un régime oral efficace pour la pyélonéphrite non compliquée. D’autre part, les fluoroquinolones présentent souvent une excellente pénétration dans la prostate et sont donc associées à un bénéfice significatif, en particulier si une prostatite est suspectée ou chez les patients présentant une infection urinaire fébrile ou récurrente avec atteinte de la prostate. Par conséquent, la sensibilité aux fluoroquinolones doit être signalée dans de tels cas.
> Autres considérations
Dans la pratique quotidienne, un équilibre doit être atteint entre le processus diagnostique et la praticité clinique. Par exemple, les directives imposent des demandes supplémentaires aux médecins, et il doit y avoir une méthode pour désigner rapidement une exception au laboratoire traitant les échantillons. Une série d’« arrêts définitifs » lorsque le médecin donne des ordonnances peut conduire à des soins inappropriés si ces arrêts stricts ne sont pas applicables, comme dans les circonstances exceptionnelles évoquées ci-dessus.
En cas de sepsis urinaire précoce, un sous-groupe de patients peut ne pas être en mesure de décrire les symptômes, mais des changements de comportement ou d’état mental peuvent être observés ou signalés. Même en l’absence de cathéter, la réalisation d’une culture d’urine avec test de sensibilité aux antimicrobiens doit être basée sur le jugement clinique. Chez certains patients porteurs de cathéters, les infections urinaires peuvent se manifester par de la fièvre sans choc septique, en particulier chez ceux qui sont incapables de communiquer, et par conséquent, la culture d’urine doit être effectuée à la discrétion du clinicien.
Demandeur. Il a récemment été démontré que l’apprentissage automatique améliore la gestion des antimicrobiens. Plus précisément, l’utilisation de recommandations antibiotiques générées par l’apprentissage automatique était associée à la minimisation de la résistance aux antimicrobiens. À mesure que ces modèles mûrissent et font l’objet d’une validation supplémentaire, leur intégration dans la gestion des antimicrobiens et des diagnostics est sur le point de conduire à de nouvelles réductions de la surutilisation des antibiotiques, de la résistance aux antimicrobiens et du fardeau financier pour les patients et les systèmes de santé.
